大多数呼吸道病毒主要在后鼻咽部的纤毛柱状上皮细胞部位复制，前鼻孔和口咽部纤毛上皮细胞，也是多数病毒复制的部位。
因此，咽拭子的采集方式通常包括鼻咽拭子与口咽拭子，并且鼻咽拭子的病原检出率较口咽拭子高(但是这是基于能够正确规范进行鼻咽拭子采集的前提上)，所以一般多推荐进行鼻咽拭子采集。
鼻咽拭子采集标本可以进行抗原、核酸或细菌培养(如百日咳)检测，但是由于鼻咽拭子采集要求高于口咽拭子，临床上实际上并未予以重视。
如果规范操作，使用口咽拭子或鼻咽拭子采集标本的方法，在本质上并没有区别，都是为了采集到咽部标本，进行病毒核酸检测，以判定被采样者是否了病毒。
所不同的是，为了采集到咽部标本，一种是将采样工具通过口腔进入的方法采集口咽部标本，一种是将采样工具通过鼻腔进入的方法采集鼻咽部标本。因此，分别被称为口咽拭子、鼻咽拭子。
在采集口咽拭子的样本时，采样者是可以看见所要采样的咽部位置，但对口咽粘膜的刺激性较大，可能导致被采样者咳嗽、恶心，甚至呕吐等反应。而采集鼻咽拭子的样本时，对鼻咽粘膜的刺激性则相对较小，但采样者看不见采样的咽部位置，主要依靠手部感觉到的阻力来完成采样。
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